Matsumoto Jun entre à la Johnny's en 1996 alors qu'il a 13 ans mais contrairement aux autres, il ne passe pas d'audition. En effet, il a été repéré par Johnny Kiragawa qui le fait rentrer dans l'agence, ce qui lui vaut considérer comme "l'élite". Actuellement, ils sont trois à ne pas avoir passer d'audition : Matsumoto Jun, Masahiro Nakai de SMAP et Yamashita Tomohisa du groupe NewS.

Au début de sa carrière en tant que Junior, il danse avec les futurs membres du groupe Arashi : Aiba Masaki, Kazunari Ninomiya, Ohno Satoshi, et Sakurai Sho.

En septembre 1999, c'est lors d'une croisière, organisée par la Johnny's Entertainment, qu'a été décidé les débuts du groupe Arashi. Le groupe a reçu un bon accueil par les fans, les membres étant déjà plus ou moins connus.

Pour les cinq ans du groupe, Jun compose la chanson "La Familia" et la chante lors de la tournée Iza Now !

Le groupe a fêté ses 10 ans en 2009 et sort à cette occasion un Best-Of : "ARASHI 5×10 All the BEST ! 1999-2009".

₪ Matsumoto Jun est connu pour son sérieux et son professionnalisme quand il s'agit de son travail. Il est très pointilleux sur les détails d'ailleurs, Ohno l'a surnommé le "maître des concerts" car il a tendance à prendre en charge tous les détails durant leurs concerts.
₪ Au début du groupe, il a été nommé par Johnny's comme étant de "membre le plus drôle". Depuis, il a plus ou moins perdu cette image de comique et a même été surnommé Do-S par les autres membres du groupe (S voulant dire Sadique).
₪ Il est myope. Bien qu'il porte constamment des lentilles de contact pour le travail, dans sa vie privée il est souvent vu portant des lunettes.
₪ Il s'est fait refaire les dents.
₪ Quand il avait 7-8 ans, il s'est fait renversé par un van. Il a été sérieusement blessé.
₪ Quand l'ambulance est arrivée il n'a pas arrêté de s'excuser auprès du conducteur lui disant qu'il avait été bête de courir sur la route pour traverser.
₪ Il est fan de Harry Potter.
₪ Il voulait arrêter ses études mais Sho l'a persuadé de continuer du coup il a eu son BAC.